神农架林区的气候、土壤、植被等均具有南北过渡的特征，南北两方及西南山区横断山脉--喜马拉雅型的动物都有些种类延伸到该地区来，所以该区的爬行类动物种群丰富多彩。
根据标本和有关文献记载，神农架林区有爬行类动物2目7科27种。它们是：鳖、草绿龙蜥、血纹龙蜥、石龙子、蓝尾石龙子、蝘蜒、北草蜥、黑脊蛇、钝头蛇、平鳞钝头蛇、赤链蛇、王锦蛇、玉斑锦蛇、紫灰锦蛇、红点锦蛇、黑眉锦蛇、翠青蛇、双全白环蛇、黑背白环蛇、颈槽游蛇、虎斑游蛇、斜鳞蛇、黑头剑蛇、乌梢蛇、眼镜蛇、白头蝰、菜花烙铁头。其中龟鳖目仅1科1种，即鳖科中的中华鳖，没有龟类动物分布，所以神农架林区的龟鳖类动物种类贫乏。有鳞目在神农架有26种，种类非常丰富，有 6个科。鬣蜥科有草绿龙蜥和丽纹龙蜥 2种，身体修长，脊背上有一行突起的鳞片构成鬣嵴，有四肢；石龙子科有 3种，身体多呈肥胖的圆筒形，有四肢，如石龙子和蝘蜒等；蜥蜴科仅北草蜥 1种，身体瘦长，尾部细长，有四肢；游蛇科有17种，身体修长，体表被鳞片，无四肢，头颈区分不明显，多为无毒蛇，如王锦蛇、黑眉锦蛇等。但最近几年的研究表明：其中的虎斑游蛇和颈槽游蛇是毒蛇。眼镜蛇科和蝰科的蛇类共有3种，全为剧毒蛇。
神农架的爬行动物在区系组成上缺乏古北界物种成分，而以东洋种占优势，有21种，占爬行动物种数的77.8％，广布种有 6种，占22.2％。在21种东洋界种类中，又以华中、华南区物种占优势，有15种，而西南区物种只有4种，如草绿龙蜥、丽纹龙蜥和颈槽游蛇等；华中区只有2种，如黑脊蛇和双全白种蛇。所以总体来看，神农架林区的爬行类动物区系组成仍具有南北过渡和混杂分布的特征。
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